Les commandes de jeux ont subi quelques améliorations depuis le premier Outbreak. Voici les nouveautés :

- L2 + Carré : Votre personnage s'excusera auprès de ses coéquipiers ("Sorry")
- L1 + R1 + croix directionnelle (ou stick analogique gauche) : Marcher tout en utilisant la visée automatique (presser Action pour tirer tout en se déplaçant)
- L1 + R2 + croix directionnelle (ou stick analogique gauche) : Marcher tout en utilisant la visée manuelle (presser Action pour tirer tout en se déplaçant)

Pour plus de détails sur les autres commandes et leurs effets, voir ici.

Ce tableau recense les principales différences entre les personnages. La vitalité est représentée par un nombre de points, et elle correspond à la résistance du personnage. Un personnage résistant mettra plus de temps avant d'être blessé ou en mauvaise condition et d'utiliser un soin. Le pourcentage d'infection au virus est exprimé en pourcentage pour une minute. Pour les vitesses de course et d'escalade, les données de chaque personnage sont basées sur celui ayant les vitesses les plus faibles (Yoko pour la course et Jim pour l'escalade). La pugnacité représente le comportement de chacun des personnages en présence d'ennemis : plus le personnage sera enclin à attaquer, plus son score sera haut. La colonne "Utilisation de soins" note le PNJ sur sa façon d'utiliser les objets soignants : plus un personnage attend avant d'utiliser un objet soignant, plus sa note est bonne. Enfin, la colonne "Attitude sociale" classe les PNJ en fonction de leur tendance à être coopératif et à vous aider, ou non.
Note : La note la plus élevée est S, et dégressivement de A à D, D étant la note la plus faible.

Vos partenaires accorderont chacun une importance différente aux objets qu'ils trouveront sur leur parcours. De ce fait, ils pourraient ramasser un objet que vous jugeriez de moindre importance, au détriment d'un autre dont vous pourriez avoir besoin. Sachant ceci, surveillez la gestion des objets faite par vos partenaires.
Note : Les quatre cases correspondent aux quatre emplacements de l'inventaire.

Ce tableau concerne le mode Single Play uniquement. En fonction de leur caractère, certains personnages s'entendent plus ou moins bien entre eux. Ceux avec qui votre personnage ne s'entend pas refuseront de coopérer la plupart du temps.

Vous avez la possibilité, dans Outbreak File 2, de sauvegarder votre progression autant de fois que vous le souhaitez au cours du jeu, en utilisant comme à l'accoutumée les machines à écrire que vous trouvez sur votre chemin. Cependant, si vous quittez le jeu et rechargez la partie (parce que vous êtes mort, par exemple), lorsque vous terminerez le scénario, le score final que vous auriez dû obtenir si vous aviez terminé le scénario d'une traite, sera divisé par 10.